Rootkit จัดเป็นภัยคุกคามที่จัดอยู่ในหมวดของ Trojan ด้วยเช่นกัน การเลือกซอฟท์แวร์ที่ป้องกันโทรจัน อาจจะไม่สามารถตรวจจับ Rootkit ได้เสมอไป สิ่งที่ควรมองเป็นอันดับแรกก็คือ มีฟังก์ชั่นป้องกัน Rootkit ด้วยหรืออาจใช้ซอฟท์แวร์สำหรับการตรวจจับ Rootkit โดยเฉพาะ เพราะโปรแกรมเหล่านี้ถูกออกแบบมาเพื่อตรวจหา Rootkit โดยตรง
Trend Micro RootkitBuster เป็นเครื่องมือในการสแกนหา Rootkit ตัวร้าย ที่มักจะซ่อนตัวอยู่ทำให้ค้นหาลำบาก โดยที่ RootkitBuster นั้จะค้นหาเข้าไปที่รีจิสทรี, ไดรฟ์และ MBR หรือ Master Boot Record และกำจัดไฟล์เหล่านี้ และยังเป็นแบบไม่เสียค่าใช้จ่ายอีกด้วย สามารถเข้าไปโหลดได้ที่ http://free.antivirus.com/us/rootkit-buster/index.html
Trend Micro RootkitBuster เป็นอีกเครื่องมือหนึ่งในการสแกนเพื่อค้นหา Rootkit ที่ซ่อนตัวอยู่ และไม่สามารถใช้โปรแกรมแอนตี้ไวรัสค้นหาได้ ย้ำว่าเครื่องมือนี้ไม่เสียค่าใช้จ่าย แต่กลับให้การทำงานได้ค่อนข้างดีเลยทีเดียว
